>.BATや.MSIをエクスプローラ等で開く（実行）と、サクラエディタで開いてしまいます。
>サクラエディタで開かなくすることはできないでしょうか？

メニューを追加すると一部機能でなぜか「開く」よりも追加メニューの方が優先されてしまうようで，こういうことが起こります．

ダブルクリックしか知らない人には追加メニューは役に立たないと言うわけですか...そういうレベルの人がどうやってエディタ使うかも疑問ですけど．

現在インストーラではメニューの追加がデフォルトでONになっていますが，これをOFFにした方がいいみたいですね．

関連づけではopen以外に(この追加メニューのように)機能を追加でき，ダブルクリックでそのうちのどれが動作するかを選択できます．エクスプローラのファイルタイプで bat/msiをそれぞれ選択して「詳細設定」を開き，アクションでopenを選択して「標準」を押して標準機能に設定してみてください．

と書いたところで，batがメニューに現れていないことに気づく(T_T) exeも出てきませんね．

しょうがないのでレジストリエディタでHKEY_CLASS_ROOT\batfile\shellの(標準)に"open"を設定してみてください．

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サクラのメニューを手動で外すなら，レジストリエディタでHKEY_CLASS_ROOT\*\shell\sakuraeditor を削除してください．