「アウトライン」ダイアログの「フォーカスを移す」チェックが入っててもダブルクリックでフォーカスが移らない件、
・・・直ってませんでした。

リスト上でダブルクリックしたときはちゃんと動くのに、ツリー上だとだめみたいです。
手元ではCDlgFuncListにフラグを追加することでツリー上でダブルクリックしてもフォーカス移動できるようにしたのですが、
もっとスマートな方法があれば教えていただけますでしょうか？

あと、ブックマークの設定解除キーを押したときは「自動的に閉じる」や「フォーカスを移す」を無視して、
閉じない&フォーカス移さない。にした方が続けてマーク設定解除しやすいので便利かな、と思うのですが、いかがでしょうか？

PS.単語単位の移動/選択について
CDocLineMgrのPrevOrNextWordとWhatKindOfCharあたりを変更すれば、
・空白文字の先頭でカーソル移動を停止する
・空白文字（タブ,半角スペース,全角スペース）を区別する
・半角英大文字・小文字を区別する
・半角数字を区別する
・全角英大文字・小文字を区別する
・全角数字を区別する
みたいなオプションに従って振る舞いを制御するのも割と簡単に実装できそうです。
でも、ShareDataのm_Commonとかにオプションを覚えたとして、CDocLineMgrからどう参照したらいいのやら・・・