> なんかうまく整理できないでしょうか．
例えば、
・選択無し
・選択有り
を2つの関数に分割します(関数の中で判別処理をしない)。

具体的には、下記サンプルをご参照下さい。
(サンプルなので、組み込まないようにお願いします)

変更対象ファイル
ssrc_2002-07-26.tar.bz2

差分ファイル
http://www.egroups.co.jp/files/sakura-editor/Junk/diff_ssrc_2002-07-26.lzh

判別処理を上位関数側に持ってくることで、判別処理を共通化できるようになると思います。