こういう風に書き換えてはどうでしょうか？

BOOL CProfile::WriteProfile( const char* pszProfileName, const char* pszComment )
{
int i;
int j;
// char szLine[102400];
HFILE hFile;
char* pData;
int nDataLen;
if( NULL != pszProfileName ){
strcpy( m_szProfileName, pszProfileName );
}

hFile = _tfopen( m_szProfileName, _T("wb") );
if( NULL == hFile ){
::MYMESSAGEBOX( NULL, MB_OK | MB_ICONSTOP | MB_TOPMOST, GSTR_APPNAME,
"ファイルを作成できませんでした。\n\n%s", m_szProfileName
);
return FALSE;
}
/* コメント書き込み */
fwrite( "//", 1, 2, hFile );
fwrite( pszComment, strlen( pszComment ), hFile );
fwrite( "\r\n", 1, 2, hFile );
fwrite( "\r\n", 1, 2, hFile );


for( i = 0; i < m_nSecNum; ++i ){
if( 0 < i ){
fwrite( "\r\n", 1, 2, hFile );
}
fwrite( hFile, "[", 1, hFile );
pData = m_pSecNameArr[i]->GetPtr( &nDataLen );
fwrite( pData, 1, nDataLen, hFile );
fwrite( "]\r\n", 1, 3, hFile );
for( j = 0; j < m_nSecDataNumArr[i]; ++j ){
pData = m_pDataNameArr[i][j]->GetPtr( &nDataLen );
fwrite( pData, 1, nDataLen, hFile );
fwrite( "=", 1, 1, hFile );
pData = m_pDataArr[i][j]->GetPtr( &nDataLen );
fwrite( pData, 1, nDataLen, hFile );
fwrite( "\r\n", 1, 2, hFile );
}
}
fwrite( "\r\n", 1, 2 ,hFile );
fclose( hFile );
return TRUE;
}

ついでにReadProfileもfreadに書き換えたほうがいいのかも。