おぉ、それは気づかなかった。
CEditView_Command.cpp:
6905~6918を削除(カレントフォルダを変更するところ)
7064~7069を削除(カレントフォルダを戻すところ)
6988行目を以下のように修正(第8引数にフォルダを指定)
if( CreateProcess( NULL, cmdline, NULL, NULL, TRUE,
CREATE_NEW_CONSOLE, NULL, cDlgTagsMake.m_szPath, &sui, &pi ) == FALSE )
(私のパッチを当てた後の行数です)