少なくとも二通りの方法があります。
(1) ファイルのワイルドカードを複数のパスに展開した後、ユニークにする。
(2) すでに検索したファイル（のパス）にフラグをつけて区別する。

相対パスからどうやって同じファイルかを判定するのでしょうか。

除外ファイルとの合わせ技が可能。

探索するフォルダ毎にチェック済みリストを作成する。
WIN32_FIND_DATA.cAlternateFileName[14] をリスト管理(qsort,bsearch)
することでデータ量を削減できる。

・先に除外ファイルを登録する(チェック済みにしてしまう)。
・対象ファイルをチェック済みリストと照合しながらGREP実行。
チェック済みならスキップ。
未チェックなら登録してGREP。

以上をフォルダ毎に実行する。