遅くなりましたが現象を確認しました.折り返しの右側に余白がある状態で右スクロールをすると編集エリアが右端にそろって,もう一度右スクロールすると今度は左隅にそろった状態に戻ります.
水平スクロールバーが無効なときにトラックポイントを使って右にスクロールするとWM_HSCROLLメッセージのSB_LINERIGHTというのがEditViewに送られますが,ScrollAtHの先頭部分にあるスクロール調整のためにnPosが負の値になってしまいます.
2回目の右スクロールでは元の負の値+水平スクロール分の4が負になるため,位置が負なら0に合わせるというルールが効いて元に戻ります.
というわけで,調整後に位置が負の値だったら0にするチェックを追加しました.