こんにちは。
　下記の現象が発生しましたので、ご報告いたします。

現象／再現手順：
　０．サクラエディタ起動(無題)
　１．F4, Enter, ↑, Tab, Ctrl+Tab, Delete, Shift+Ctrl+Tab
　　　この時点でキャレット(文字カーソル)が浮いた状態に。
　　　(ビュー毎に位置を覚えているから？)
　２．ここで、Ctrl+Delete(単語の右端まで削除)すると、[EOF]が
　　　２つになる。　再描画(F5)すると、下の[EOF]は消える。
　３．半角の"・"(0x0d)が残っているが、BackSpaceやDeleteでは
　　　削除できない。ただし、選択すれば削除可能。

試したバージョン：
　WinMe 1.4.6.0

以上、ご確認よろしくお願いいたします。