上書き保存したファイルとエディタが保持しているデータで、改行コードが異なることがあります。

1. 名前をつけて保存で、改行コードを変換する指定で保存
2. リロードされた後、入力改行コード指定により、1.で指定した改行コード以外を選択
3. 改行を入力
4. 上書き保存。このとき、2.で指定された改行コードで保存される
この時点でリロードされないので、保存したファイルと、エディタ上のデータで食い違いが発生します。

同様に、Shift_JIS以外では、ファイルとエディタ上のデータで、実際には異なる(=リロードするとデータが変わる)ことがありますが、
こちらは下手にリロードすると、保存時に文字化けした場合は修正するチャンスを失うことになります。