はじめまして、まずは報告ありがとうございます。

サクラエディタでは、置換した動作を[元に戻す]ことができるように、
変更する前の内容と位置を、1箇所ごとに全て記憶しています。
絶対にメモリリークしてないとも言い切れないものの、
この動作がメモリを大量に使っているのが原因だと考えられます。
　制限なしのRedo/Undoなので、今のところ仕様だと思います。
しかし、不具合といえば不具合ですね。

私も試しに、216KBのファイルで23328個ほど「a」を「b」に置換してみたら
13MBが40MBになりました。
これならファイル丸ごと1度に記憶したほうがお得です。。