http://sakura-editor.sourceforge.net/cgi-bin/cyclamen/cyclamen.cgi?log=data&tree=r4540このスレッドで「\r」が「\r\n」にマッチするという問題が指摘されてますが、ちょっと処理を追ってみました。
sakura_2005-10-09 の CEditView_Command.cpp 7518 行目、7957 行目で、
// 置換後文字列への書き換え(行末から検索文字列末尾までの文字を除く)
Command_INSTEXT( FALSE, cRegexp.GetString(), cRegexp.GetStringLen() - colDiff, TRUE );
という処理を行い、選択部分の文字列を置換後のものに置き換えているようです。
ここで検索マッチ部分に「\r」が含まれる場合、直後で「\n」にマッチしていない状態であっても
「\r\n」までが選択されているのが原因のようです。
# どのように直せばいいのかわからないので大雑把な調査だけです。
# 間違っていたらすみません。