eGroupsに双六さんが作ってくれたPipeCommandクラスがあるので、これをうまく活用できないでしょうか。外部コマンドとスレッドのハンドリングを行ってくれるので、あとはオブジェクトの生成、消失と標準入出力のハンドリング（これは別スレッドで動くので考慮が必要）を作ればいいだけなんですが。

ソースコードをいろいろチェックしてみました。

CEditView.cpp の8072 行目：
> hFile = ::CreateFile( szTempFile,
> GENERIC_WRITE | GENERIC_READ,
> FILE_SHARE_WRITE | FILE_SHARE_READ, NULL,
> CREATE_ALWAYS, FILE_ATTRIBUTE_NORMAL, NULL );

8091行目：
> StartupInfo.hStdOutput = hFile;
> StartupInfo.hStdError = hFile;
これでは、同一ハンドルのとき、閉じられるときデータが失われる可能性があると思います。
DuplicateHandle を使って、ハンドルの継承を何とかするとか。

> またcommand.comの実行時に16ビットサブシステムより「NTVDMはシステムエラーを検出しました。ハンドルが無効です」というエラーが出ます。

調べてみると、dir は標準エラー出力を使うみたいです。次のMS-DOSコマンドで確認できます。

C:\>dir >& test.txt

C:\>type test.txt
ドライブ C: のボリュームラベルはありません.
ボリュームシリアル番号は 0623-0AF5
ディレクトリは C:\

53,575,680 バイトの空きがあります.

他にも気になる点がいくつかあります。リファレンスによると：

>lpSecurityAttributes
> If you want the console to be inherited,
> the bInheritHandle member of the
> SECURITY_ATTRIBUTES structure must be TRUE.
>
>dwCreationDistribution
> The user should specify OPEN_EXISTING when
> using CreateFile to open the console.

>The CreateProcess function's
>fInheritHandles parameter must
>be set to TRUE for this to work properly.

とあります。コードを書くときにはよくリファレンスやコード例を参照した方がよろしいですよ。

> SECURITY_ATTRIBUTES 構造体の lpSecurityDescriptor
> メンバとかにきちんとなんか設定しとかんとダメなんで
> しょうかね

SECURITY_ATTRIBUTES の lpSecurityDescriptor 以外のメンバは Win95/98 でも参照されるはずです。おそらくリファレンスの間違いです。

同じく 8108 行目。Windows 2000 では、3 つの DOS 窓が開きました。おそらくこの行の辺りから起こっています。

バージョンと ProcessInfo.hProcess をチェックすることをお勧めします。<stdlib.h> の _osver, _win{ver,major,minor} を使えば素早くバージョンをチェックできます。

<stdlib.h> から：
>#define _osver (*__p__osver())
>#define _winver (*__p__winver())
>#define _winmajor (*__p__winmajor())
>#define _winminor (*__p__winminor())

これで WinNT/2000 で command.com を実行することは避けられます。

Windows 版の Mule のソースコードと、MSDN のコードサンプル：
[Platform SDK]-[Reference]-[Code Samples]-{
　[WINBASE]-{
　　[IO]-[ASYNCIO],
　　[IPC]-[INHERIT]
　},
　[WINUI]-[CONGUI]
}
には非同期入出力の例などがあって役に立つと思います。