以前の記憶をさかのぼりながらソースを読んでみたところ、いくつか分かったことがあります。
1.>>data:4706の(1)について
これは「問い合わせる」が正解と考えます。
問題となる「前回と異なる文字コードのとき問い合わせを行う」の設定ですが、これまでは「‘自動認識の結果が’前回と異なるとき」が通説とされてきましたが、実際には単に「前回と異なるとき」でした。(1.5.13.1で確認)
具体的に説明すると
・文字コード指定なしの場合:自動認識の結果が前回と異なるときに発動
・文字コード指定ありの場合:指定された文字コードが前回と異なるときに発動
です。
これらの状況から、もともと自動認識はあまり関係ありませんでしたので、従来機能を継承する意味では、「問い合わせる」が良さそうです。
2.>>data:4706の(2)「…一旦閉じて…」について
「表示しない」が多分正解です。
じゅうじさんが>>data:5700で解説されていますが、ちょっと補足が必要です。
>現在オープンしているファイルを、違う文字コードで二重オープンしようとすると、ワーニングのダイアログが出る時と、出ない時が有りますので、無くします。
実際には元々の仕様では、違う文字コードで二重オープンしようとしたとき、必ずワーニングが出るようにしたかったのだと思います。
二重オープンを考えるとき、前回の文字コードとは現在の文字コードのことを指しますので、旧仕様における「前回と異なるとき…」無効時は、自動認識が優先され、現在開いている文字コードは無視されます。そこで自動認識結果と現在の文字コードが違う場合はワーニングを出す必要があったわけです。ところが、おそらく勘違いで自動認識が優先されない設定のときにワーニング、というコーディングになっていました。
で、1.5.14.0以降自動認識を優先する動作はなくなったため、文字コード指定する以外に違う文字コードによる二重オープンのケースはほぼありませんので、「表示しない」が妥当かと。