以下の条件で、タブが見えなくなります。

■設定内容
タブバーを表示する：ON
ウィンドウをまとめてグループ化する：ON
最後のウィンドウを閉じたとき(無題)文書を残す：ON
ウィンドウを閉じるボタンは現在のファイルのみ閉じる：OFF
アイコン表示：ON
タブ一覧をソートする：ON

■再現手順
１．たくさんのファイルを開き、タブバーに左右三角ボタンが出るようにする
２．ファイルメニューで新規作成
３．無題のタブをD&Dで外に出して新規グループに無題タブだけの状態にする
４．無題だけのグループをアクティブにしておく
５．コマンドラインで任意のファイルを開く
６．５で開いたファイルをタブバーの[×]ボタンで閉じる
７．もう一度コマンドラインで５のファイルを開く
８．無題のタブをクリックする
９．５のファイルのタブが見えない

ソースは追いかけていません。報告だけです。