>これは、1.3.2.0では動きました。
>しかし、1.3.2.1では動きませんでした。

次のバイナリが出るまでちょっと間があるのではないかと思うので、
sakura_2002-07-01.zip(1.3.2.1) で diff が動作するように変更する
パッチを WDiff で作ってみました。
次のバイナリが出たら速攻でゴミに捨てます。
http://www.egroups.co.jp/files/sakura-editor/User/Data/sakdiff_20020701.LZH

# Development BBS の 2222番「diffの不具合」からの記事を覗いて sakura.exe を
# バイナリエディタでチョコチョコして WDiff しただけ。

サクラエディタの 2002-07-01版をインストール後、
sakura.exe と同じフォルダに sakdiff_20020701.exe を入れて、
サクラエディタがタスクトレイの常駐も含め終了している状態で
sakdiff_20020701.exe を実行して下さい。