[ツール(T)] → [外部コマンド実行(X)]
でファイル参照のボタン（右端の [...] ボタン）が出なくなることがあります。
具体的にはエラーダイアログが出ます。
+------------------------------
|sakura
|ダイアログが開けません。
|
|エラー:FNERR_INVALIDFILENAME
|　　　　[　OK　]
+------------------------------

最後に実行したコマンド（コマンドの実行履歴）によってエラーが出たり出なかったりします。
×：dir/b/s
×：dir/b
○：dir
×：C:\WINDOWS\COMMAND\Attrib.exe /s
×：C:\WINDOWS\COMMAND\Attrib.exe c:\*.*
×：attrib /s
○：C:\WINDOWS\COMMAND\Attrib.exe
○：attrib
×："C:\Program Files\SAKURA\Diff.exe" "C:\Program Files\SAKURA\hoge.pl" "C:\Program Files\SAKURA\hoge2.pl"
○：C:\Program Files\SAKURA\Diff.exe
×：dir c:
×：dir *.*

○：正常に「ファイルを開く」が出る。
×：エラーダイアログが出る。

最後に実行したコマンドに何かオプションパラメータが付いている場合にダメ？

で、CDlgOpenFile.cpp の CDlgOpenFile::Create() 中で文字列を単純に
「_splitpath に投げて szDrive と szDir を結合するだけ」の辺りが原因？かな？と推測したんですが。
例えば dir/b/s なんかを _splitpath に投げると
・Drive：""
・Dir　："dir/b/"
になってしまう(と思う)ので m_szInitialDir = "dir/b/" になってしまったりする(と思う)のがまずいかな？と。
# 確認できないので、実際には原因、違うかもしれません。

ただ、もしそうだとすると、
「 Drive が空の場合は m_szInitialDir に文字列を代入しない」である程度解決するかな？と思ったけど、
C:\WINDOWS\COMMAND\Attrib.exe c:\*.* なんかの場合は
　・Drive："C:"
　・Dir　："\WINDOWS\COMMAND\Attrib.exe c:\"
となるだろうから問題回避できなさそうだし。
さらに、逆に \\computer0\name1\dir2\file3 なんかの場合は
　・Drive：""
　・Dir　："\\computer0\name1\dir2\"
だからデフォルトで開いてくれなくなりそうだし。

そもそも _splitpath って“正常なパス文字列”以外の文字列が来た場合の挙動って
コンパイラ（のライブラリ）によって異なるから、ちょっと恐いんですよね。
「オプションパラメータとの分離」／「本当にパス文字列なのかどうかの判別」
をちゃんと真面目にやる「 _splitpath 代替関数」を自作しないと解決しそうにないです。

もし、本当にこれが原因だったら、_splitpath 関数、私が自作してみませうか？
# 私に任せておくと時間かかると思いますけど。
もっとも、その前に私には原因が特定できないので．．．