[ウインドウ]メニューの[左右に並べて表示]についての提案なんですが、
開いているウィンドウのうち、メニュー操作を実際に行ったウィンドウを
左側に表示する、というのはどうでしょうか。
（[上下に並べて表示]についても）
現在はタスクバーに表示されている順番で左右に並びますよね。

私は2つのウィンドウを左右に並べて表示することが多いのですが、
右と左をぱっと入れ替えたいな、と思うことあるのです。

3つ、4つのウィンドウを開いている場合を考えると、
動作が複雑になってしまうかも知れませんが、
ご一考下さればと思います。