>今度は環境設定のバックアップで質問なのですが、
>ファイルタイプ別の設定（色分けなど）、キーカ
>スタマイズなどの環境設定をバックアップするに
>はどうすればよいのでしょうか？

設定画面に [インポート] [エクスポート] ボタンがあるなら、
・[エクスポート] でそこの設定内容のみをファイルに保存。
・[インポート] で↑のファイルを読込み。
で出来ます。

インポート/エクスポートがある物、無い物、全ての設定は
インストール先フォルダ（本体 sakura.exe と同じフォルダ）内の
sakura.ini に書き込まれているので、それを保存しておけば
全ての設定が一発でバックアップ・リストアできます。

>また、バックア
>ップできた場合、もし、さくらエディターがバー
>ジョンアップした場合もそれを使用することがで
>きるのでしょうか？

開発の状況・都合次第です。(^^;
過去に何度か「古いバージョンと互換が無くなる」という変更がされた
事もあり。今後もあり得るでしょう。
そういう場合（過去の物と互換が無くなる場合）は、この掲示板や何かで
アナウンスされる事が多いです。。。アナウンス忘れなければ。(笑)
最近はあまり無いみたいですが。

>それと、選択範囲の色と検索時の色はどこで設定
>できるのでしょうか？検索時は、検索の色分けを
>使用しないときに反転した色を変えたいです。

反転色は自由には変えられなかったかと。

>また、検索時(ブックマークへ移動時も)に下まで
>いったときに自動的に上から検索するようにはで
>きないのでしょうか？

検索ダイアログには「先頭（末尾）から再検索する(Z)」があり。
これにチェックすると検索/ブックマーク両方共、ファイル末尾まで
到達したら自動的にファイル先頭から始まるようになります。