以前話題に出たスペルチェックと同様に，外部プログラムで処理するという案ではだめでしょうか．Perl等を使えば番号の振り直しは簡単にできると思います．
編集中のファイルをロックしないようにしておく
→ファイルを書き換える外部プログラムを作って置いて実行
→エディタに戻ると再読込するか聞いてくる

編集中のデータを外部プログラムに渡せれば使い勝手が向上しますが...

// TAB=4
// 実行には PPA.DLL が必須です。
// マクロファイルの拡張子は .PPA でなくてはなりません。

// ファイル全体に対して、各行頭の行番号を振り直す。
// 行番号と その後ろの文字列との間に、何らかの空白（タブ/スペース）が必要です。
// （↑行頭にて [Ctrl]+[W] で選択される物が古い行番号として消えてしまうわけなのよ。(はぁと) ）

// COBOL で使いたいらしい。

var
num,step,digit:Integer; // 行番号を取り扱う整数数値変数
n:Integer; // 作業用の整数数値変数
word:String; // 作業用の文字列変数
begin
num := 100; // 先頭行の行番号を指定せよ
step := 100; // 行番号の増分値を指定せよ
digit:= 6; // 行番号の表示桁数を指定せよ

S_GoFileTop(0); // ファイルの先頭に移動

while (True) do // 無限ループだじょ
begin
S_SelectWord(0); // 現在位置の単語選択
word := S_GetSelectedString(0); // 選択文字列を取得する
// MessageBox(word,'debug',0); // for Debug

if word = '' then // 文字列が空なので、ファイル末尾に達した(と思われる)
begin
S_GoFileTop(0); // ファイルの先頭に移動
exit; // マクロ終了!!
end;

word := IntToStr(num); // 行番号を文字列に変換する。

// ↓行番号文字列の前に、桁の不足分 '0' を追加する。
for n := Length(word) to (digit - 1) do word := '0' + word;

S_InsText( word ); // 行番号文字列をエディタに出力する。

num := num + step; // 行番号 += setp
S_GoLineTop(1); // 行頭に移動(行頭のスペースを無視する)
S_Down(0); // カーソル下移動
end;

end;