>マクロ内で検索すると、「検索開始位置へ戻る」コマンドで
>戻るべき位置を保存しないようですが、これは仕様でしょうか。

仕様です。
ここの過去の書き込み「2175 改行コードの統一(ぢっけん)」の
階層下の書き込みを見ていくと、その辺の経緯やなんかが見れます。

マクロなら検索前に「編集→移動→現在位置を移動履歴に登録」すりゃ良いじゃん♪
ってことで。