>ファイルを置いてあるフォルダの名前に
>スペースが入っている場合に開けないことがあります。
>
>例えば"xxx yyy"というフォルダの中にあるファイルを
>開きたい場合、スペース以降を取り除いた名前のフォルダ
>"xxx"が同じ階層にあると、そっちのフォルダを開いて
>ファイル選択画面になってしまいます。
>"xxx"の中にあるファイルをダブルクリックしたときは
>問題なく開けます。
>"xxx zzz"のようにスペース以降に違う文字が来る名前は
>大丈夫みたい。

やってみましたが再現しません。
というか、その異常動作って関連付け設定をミスしている時の動作だと思いますが。
どうやって関連付け設定しています？
"C:\～～\sakura.exe" "%1"
のように、きちんと %1 を " " で括っていますか？括っていない場合、そうなるかと。
「関連付けツール」を使って関連付けしたらきちんと動作しませんか？