>早速ですが、検索や置換語の履歴を消すにはどうやれば
>いいのでしょうか？

sakura.ini を編集して削除するしか無いかと。

sakura.ini を他のフォルダにコピーしておいて、
サクラエディタで↑その sakura.ini を開いて、
検索語などの行（ [Keys] のセクション）を削除してから上書き保存して、
サクラエディタをタスクトレイのアイコンを含めて全終了してから、
編集した sakura.ini を sakura.exe と同じフォルダに戻す（上書きコピー）。

という感じで。