>これについて、サクラエディタ独自にパス設定を準備して
>そのパス中をタグジャンプできるように出来ませんでしょうか
いいですね。
ヘッダファイルだけ別ディレクトリにまとめられている場合とか、ヘッダとソースが別ディレクトリに分割されている場合もありますしね。
各サブディレクトリごとにさらにHeader, Sourceと分けられている場合を考えると相対パス指定できる方がいいですね。