>設定をいじってみて気がついたんですが、
>『上下に分割中、垂直スクロールの同期をとる』と
>『左右に分割中、水平スクロールの同期をとる』が
>反映されないのはなぜですか？
>これもどこかで設定できるのでしょうか。。

それはそういう仕様（というか設計思想）なのではないでしょうか？
例えば「左右に分割」というのは
「縦方向に長い物を２箇所並べて開いて編集する物」
とかっていう思想で作られているのではないかと。

左右に分割すると画面の横幅はかなり狭くなるわけだから、
横方向に長いテキストをわざわざ左右分割して表示するとも
思えないですし。そんな時に水平スクロールの同期なんてしても
メリットなんて無く、邪魔なだけ、って事ではないかと。
左右にスクロールして見比べるなら、普通はじめから左右分割じゃ
なく、横方向の長さを確保できる上下分割するでしょうし。