>①漢字コードがEUCで改行コードがLFのファイルを読み込んで、
>いろいろと修正したあとに、上書き保存をすると、改行コード
>にCRがついているときがあるのですが、読み込んだ時の漢字
>コードと改行コードで保存してくれないのですか？

クリップボードやなんか経由で他のファイルとかのテキストデータを
持って来た時、その持って来たデータ中に CR が含まれていた、とか。
あるとしたら そのくらい？かな？

世の中、複数種類の改行コードが混在しているテキストも一般的にあるので、
エディタ側で操作者に断わり無く勝手に改行コードを変更するような動作は
入れられていない *はず* です。(見落としとかバグとか あるかもしれませんが)

あと、マクロ使えば改行コードは自由に変更できますよ。

サンプルマクロ
http://www.egroups.co.jp/files/sakura-editor/User/MACRO/
⇒ 「マクロ集：改行コードを変換する(CRLF⇔LF⇔CR)」

たしか、マクロのSaveAsでは改行コードと漢字コードの指定ができるようになっていたはずなので、「EUC+LFで保存」といったコマンドを自分で作れます。
ただアイコンには割り当てられないんですけど。