>自動インデント：
>　現在、チェックを入れていると改行時に
>　自動でインデントされますが、
>　特定の操作(Shift + Enter？)時には、
>　自動インデントを無効化するような機能を
>　追加していただけないでしょうか？

マクロで出来るかと。

手順1.マクロ作成
1-1. [Shift]+[Ctrl]+[M] (ツール → キーマクロの記録開始)
　　（タイトルバーが「【キーマクロの記録中】」になる事を確認）

1-2.登録したい目的のキー操作を行う
　　[Enter]　　　　　　 （改行入力）
　　[Shift]+[Ctrl]+[U]　（編集 → 高度な操作 → 行頭まで削除(改行単位)）

1-3. [Shift]+[Ctrl]+[M] (ツール → キーマクロの記録終了)
　　（タイトルバーから「【キーマクロの記録中】」が消える事を確認）

1-4. 記録した操作を保存する。
　　[Ctrl]+[M] (ツール → キーマクロの記録終了&保存)
　　にて、NoIndent.mac とか適当な名前を付けて保存する。

手順2.マクロ登録
2-1. [Ctrl]+[6] (ツール → 共通設定) → [マクロ]タブを開き、↓以下の操作。
2-2.「マクロ一覧」にて空の行を選択状態にする。
2-3.「File」で、作成したマクロ“NoIndent.mac”を選択する。
2-4.「名前(N)」に分かりやすい名前を入力する。「改行 - インデント無し」とか
2-5. [設定(A)] 押して登録する。
2-6.[OK] で共通設定を一旦閉じる。

手順3.キー割り当て
2-1. [Ctrl]+[6] (ツール → 共通設定) → [キー割り当て]タブを開き、↓以下の操作。
2-2. 「種別(K)」で「外部マクロ」を選択。
2-3. 「機能(F)」で登録したマクロ「改行 - インデント無し」を選択する。
2-4. 登録したいキーを選択する。[Shift]+[Enter]なら、
　　「キー(Y)」から「Enter」を選択し、「Shift」にチェックを付ける。
2-5. [割付(B)] を押す。
2-6. [OK] で共通設定を閉じる。

かな？

>コメント：
>　選択行のコメントアウト・解除機能(単一行、複数行)
>　を追加していただけないでしょうか？
>　VBにあるようなコメントアウト、コメント解除
>　のような感じです。

こっちはどういう機能か分からないのでパス。

▼ Youさん
> 自動インデント：
> 　現在、チェックを入れていると改行時に
> 　自動でインデントされますが、
> 　特定の操作(Shift + Enter？)時には、
> 　自動インデントを無効化するような機能を
> 　追加していただけないでしょうか？
これは標準機能で欲しいですね。

> コメント：
> 　選択行のコメントアウト・解除機能(単一行、複数行)
> 　を追加していただけないでしょうか？
> 　VBにあるようなコメントアウト、コメント解除
> 　のような感じです。
>
> 以上です、宜しくお願い致します。
短形選択で可能かと・・・

▼ Youさん
> コメント：
> 　選択行のコメントアウト・解除機能(単一行、複数行)
> 　を追加していただけないでしょうか？
> 　VBにあるようなコメントアウト、コメント解除
> 　のような感じです。

http://www.egroups.co.jp/files/sakura-editor/User/MACRO/
に「選択範囲の行頭に行コメントを付ける・削除する」というものがありますよ。