▼ mskさん
> 「ウィンドウ」→「左右に分割」で、一つのファイルの表示を二つのウィンドウに分割できますが、片方をスクロールさせようとすると、もう片方も同時にスクロールしてしまいます。

FAQより転載

画面分割して一方をスクロールするともう一方も同じ位置になってしまう
同期スクロールが有効になっています．(これ，デフォルトでONにしたのは絶対失敗だったな)

直し方: 「共通設定」→「ウィンドウ」の真中の下あたり、「分割ウィンドウ」のチェックを外してください。