100%再現できました。

・サクラエディタでファイルを開いて複数行のデータを入力する。
----- test.txt -----
<CR>
123<CR>
[EOF]
----- test.txt -----
・"3"のところにカーソルを移動してファイルを閉じる。
・サクラエディタでファイルを開く。
・メモ帳で同ファイルを開いて、データをすべて削除して上書き保存する。
・サクラエディタにフォーカスを移す。
・「開き直す」か更新チェックの「再読み込み」を行う。
・EOF以降にカーソルが出現する。（過去の桁位置にカーソルがある）
・カーソルを移動すると、アプリケーションエラー。

データなしの場合に桁制御ができてないと思われます。