>同じ話題がすでに出ていたらごめんなさい。
マルチスクリーン関係はあまり話題になっていませんので、正直、正常動作するか怪しいです。(汗

>マルチスクリーンのメイン以外(中略)で開くと、画面のサイズが、すごく小さいまま開いてしまいます。
>メイン側ですと問題ないようです。
>(というか、最後に調整した画面のサイズを覚えているように見えます)
共通設定→ウィンドウ→ウィンドウサイズ継承 という項目のON/OFFを試してください。

>マルチスクリーンのメイン以外に開いているエクス
>プローラで表示している.c/.hファイルをsakuraに
>関連付けしておいてダブルクリックで開くと、画面の
>サイズが、すごく小さいまま開いてしまいます。
新規ウィンドウが画面からはみ出ないようにする処理が裏目に出ていますね．

画面外の判定にプライマリウィンドウの座標を使ってしまうので，それ以外のウィンドウからファイルを開くと全体が画面外にあると判定されてしまいます．しかし本来なら全体がプライマリウィンドウにほぼ同じサイズで表示されそうな物ですがサイズが0になるということはその計算方法に誤りがあるのかも．

ついでながら，起動オプションで表示位置を固定する機能において座標値が0以上である場合のみ有効とする処理が内部に入っていますが，マルチスクリーンでは負の座標値でも正当な場合があるので別のウィンドウに固定したい時はこの判定はじゃまですね．

つづきは開発板にて．