>不特定の行を変更すると
>関係ない行が行番号(変更行)の色になってしまいます。

これ、何か変更してから Undo（元に戻す）で元に戻して
「変更していない状態」に戻った行とかが、他の行を変更すると
また「変更された行」の表示に戻ってしまったりする、その
挙動の事ですよね。

それは仕様ですので。
少なくともバグ（プログラミングした人にとって意図していない動作）
ではありません。プログラミングした人にとって意図している通りの動作です。
まぁ、使う人にとっては不具合動作なわけですが。

かいつまんで説明しておきますと、元々、このエディタが原作者さんに
よって開発されていた頃、変更行の表示という機能がありませんでした。
で、「変更された行を色分け表示して欲しい」という要望がユーザーから
出て来たわけです。
ところが、このエディタの内部構造は そういう「変更行の色分け表示」
という機能を付けるには適したものではなく、、、

そこで致し方なく

「構造上、Undoとかで元に戻して“変更していない行”になった行とかが、
　後で“変更した行”に戻ってしまったりするなど、色々問題あるけど、
　とりあえず、暫定という事で付けておきます。後で構造を見直して
　きちんとした動作をする物に直．．．」

というような感じの内容のお話しで、(あくまで)暫定的に付けられたわけです。

で、その後、構造の根本的な改良などが行われる前に原作者さんが開発から
手を引いてしまい、その後、誰も手を付けていないわけで。。。

確かエディタのデータ保持に関わる内部構造を根本から見直さないと無理
とかいうお話しじゃぁなかったかな？
で、おいそれとやれる様な内容じゃぁないし、皆誰も手を出せずに現在に至る、と。

そういう訳なので、ユーザーは皆、この辺の挙動は
(あえて)あまり気にしないで使っています。
所詮はエディタの基本動作には無関係なオマケ機能ですし。

もちろん、直せる人が出て来て直してくれると、皆喜ぶと思いますけど．．．