>不便だと感じているのは、他アプリからのコピー・ペースト時です。
>ブラウザやメールソフトから、サンプルコード（文章やデータ等も含む）を
>抜粋してコピー・ペーストして使用したい時ってありますね。
>そういった時、編集中のファイルが改行コード「LF」がベースなのに
>貼り付けられた行は全て CR+LF になってしまうのです。
>「今ベースは LF で編集してんだから、LF でいいじゃん」ってな感じなのです。

う～ん、私もそういう場面が非常によくありますが、改行コードを
そのまま素直に持って来てくれた方がうれしかったりしますが。
後で改行コードを揃えなくてはならないような場合でも。

なんというか、エディタってテキストのデータを(改行コードも含めて)
そのまま素直に取り扱うのが理想的なユーティリティだし、作業者が
意図的に変更しない限りは勝手にデータ改竄しないでくれ、
って言いたくなっちゃうんですけどね。

特に複数種類の改行コードが混在し、それらの違いを意識しなければ
ならない今の世の中では、それら
「どのユーティリティでどういう改行コードを使っているか」
とかいう、事は重要な情報だと思いますし。
改行コードもそのまま持って来てくれれば
「このユーティリティでは改行コードに CR を使っているんだな」
とか、そのユーティリティに対して、ある種の解析(？)というか
より深く、きちんと理解しながら使う事も出来ますので。
ここを下手に自動的に変換とかされてしまって、その、
“他のユーティリティ”が改行コードに何使っているのかを普段
意識しなくなって知なかったりしたら、逆にサクラエディタ側から
その“他のユーティリティ”へテキストをコピーした時とか、
「改行コードが違っていたために動作しない」という事にも
なり兼ねませんし。その場合、そのトラブルの原因が
「そのユーティリティでは改行コードは CR じゃないと駄目なんだ」
とかいった事に気付くまで相当時間がかかるでしょうし。

私には他のユーティリティから持って来たテキストの改行コードが
勝手にエディタ側の改行コードに変えられてしまうような
エディタって、逆にエディタとしては手抜きのヘタレとしか
思えないんですよね。
「改行コードの取り扱いが苦手なんだろ。実は複数種類の改行コードを
　同時に取り扱えない、とかが理由なんだろ。使えね～」って。


>クリップボードに読み込まれたデータって、どのアプリでとり込まれたデータ
>なのか判断できないのでしょうか？

基本的に「テキストだよ」というデータタイプ名しかないので
何のアプリでクリップボードに格納したデータなのかは判別しようが
ありません。クリップボード格納時に、その格納するユーティリティが
意図的に特別な目印を付けない限りは。