>puttyで取得（EUC-JP）した、linux（rh9）コンソールログをwindows上で開いたことろ、lsコマンドで取得したファイル名の先頭に、
>"[00m"とか、"]0;"、"[00;"という、文字がついています。
最近linuxをさわっていないので外しているかもしれませんが，Linuxって初期設定でファイル種別によって色が付くようになっていると思います．で，その色を付けるための色変更のエスケープシーケンスがファイル名の前に出力されているものと思われます．

lsをファイルに落とすのが目的であればファイルにリダイレクトすればそういうのは付かなくなると思います．(lsは出力先がコンソールかファイルかで挙動を変えるので)．
$ ls -l > flie.txt
複数列出力なら
$ ls -C > flie.txt

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既に付いてしまったものを除去すること自体が目的であれば，正規表現置換で
\033\[(\d+)*(;\d+)*mとかパターンを指定して空文字列に置き換えればたぶん消せると思います．