▼ た～けさん
> 5000行を越す”右の空白削除(alt+R)”でアベンド
> してしまう。

サクラエディタはいつのバージョンでしょうか？OS等の環境は？
（1.5.8.0で別件のバグ修正が入っています）
1.5.8.0で140万行超（90MB超）のファイルでやってみましたが、正常にできています。
なので、行数は関係無くてテキストのパターン依存なのかもしれませんね。
＃さすがに140万行超だと30分くらいかかりました...