>my_appicon.icoのアイコンは、どこで使われているんですか？
>
>16x16のものは、サクラエディタの左上のところと、

アイコンが↑ここで使われている、という事は、
そのアイコンは↓

>タスクトレイに常駐しているときに使われているのはわかっていますが、
>48x48あるいは32x32のものはどこで使われているのでしょう？

タスク切り替え時、とかで使われているという事で。
[Alt]+[Tab] ね。
その手のタスクリストの類で大きいアイコン表示の時。

>たとえばエクスプローラで見たとき、
>sakura.exeそのもののアイコンは元のままですよね？
>自作のアイコンが反映されるわけではないみたいですし。

それは Explorer.exe が各々の .exe ファイルの中から
アイコンデータを抜き出して表示するように作られているからで、
sakura.exe 側で、そのアイコン画像を変更する事はできませんから。
そちらは sakura.exe 内部のアイコンリソースを書き換えないと駄目ですね。