>CEditWndでWM_ACTIVATEを処理している箇所をコメントアウトしたのが原因じゃないでしょうか?
>試しにコメント解除してみると1.5.5.0同様の貼り付けができました
おお，本当だ．しか～し，しかしです．残念ながら別の問題が...

これを入れるとモードレスダイアログ(検索とか)への貼り付けが出来なくなるんです．

例えば検索ダイアログ→クリップアウト2000 として貼り付けを行うと
WM_ACTIVATEAPP処理無し: 検索ボックスへ
処理有り: エディタへ

フォーカスがエディタに戻ったときに必ず編集エリアがアクティブになるのでこのようになってしまいます．

と考えると，CTipWndにWM_KEYDOWN/WM_KEYUPを親であるCEditViewへ転送させるのがよいのかなと思います．
(入力ボックスを持たない全てのウィンドウでやらないとダメなのか...?)

▼ (全略)さん
> CEditWndでWM_ACTIVATEを処理している箇所をコメントアウトしたのが原因じゃないでしょうか?
> 試しにコメント解除してみると1.5.5.0同様の貼り付けができました

ちょうど確認しようと思っていた箇所です。
手間が省けました。確認ありがとうございます。m(__)m
ここは、起動時の画面ちらつき抑止のために除去したところです。
＃WM_ACTIVATEAPP で強制的に SetFocus() するのもやや不自然と思いましたし。

> >このソフトは貼り付け時にWM_KEYDOWN/WM_KEYUPメッセージを送ってCtrl+Vをエミュレートするように作られているのですが
> よく調べましたね (^-^;;

たぶん、自画面よりも後ろにある最初の可視画面をフォアグラウンド化して
キーボードイベントを発生させているのだと思います。
で、CTipWnd は初期化時に可視になっていますね（サイズは０）。
初期化時は不可視にしておくのがいいんじゃないかと。

diff -ur --dos sakura_core_org/CTipWnd.cpp sakura_core/CTipWnd.cpp
--- sakura_core_org/CTipWnd.cpp Sun Oct 30 15:56:16 2005
+++ sakura_core/CTipWnd.cpp Mon Jan 09 15:09:24 2006
@@ -77,6 +77,8 @@
NULL // handle to menu, or child-window identifier
);

+ Hide(); // 2006.01.09 ryoji Create直後は不可視にする
+
if( NULL != m_hFont ){
::DeleteObject( m_hFont );
m_hFont = NULL;

＃CTipWnd は現状でも辞書Tipを１度表示すればその後は
＃可視／不可視の切り替え動作になってるみたいですね