Ver 1.5.9.91betaにて発生した現象です。(たぶんバージョンはあまり関係ないような気がしますが)
タブ表示(まとめる)、タスクトレイを使わない、と言う設定の時、
エクスプローラで2つのファイルを選択し、右クリックメニューから
「SAKURAで開く」を選んで開いた場合に発生しました。

開いた2つのファイルのうち、片方のタブを選択すると、
タブ自体の表示が消えました。(タブ表示OFFのような表示)
ウィンドウメニューから再度他方のファイルをアクティブにすると
タブは表示されます。
現状、何度やっても発生します。

iniファイルをリネームして初期設定からタブの表示とタスクトレイの設定だけ
しましたが、その状態では発生しません。

問題が発生するiniファイルは強調キーワードやファイル別設定等追加していて、
ある程度サイズが大きくなっていたので、ほぼ同時に起動される際に、
その読み込みの競合とか何か問題が起きてる？とか推測してみましたがどうでしょう。