>LhaplusのページでEXEファイルを関連づけてしまう問題のまとめページを発見しました．

そのツールは関連付けを行う拡張子の設定を、丸々そのツールの設定のみに
入替えてしまうためにそういう問題が出るのでしょう。
サクラエディタの関連付けツールには関係ない話だと思います。

少なくともサクラエディタの関連付けツールでは
>簡単に言うと，EXEの標準動作に実行以外の機能を割り当ててしまうとアプリケーションが何も実行できなくなってしまう．回避策はcommand.comを実行してそこからレジストリエディタを開いて復旧させる，というものです．
>.comも関連づけられていたら，もうコマンドプロンプトのセーフモードで起動するしか復旧方法は無いのかも．
こういう事はありません。
サクラエディタの関連付けツールではオリジナルの設定は消えません
（オリジナルの関連付け設定の中に、サクラエディタの設定が追加される形）
ので。

拡張子 .exe にサクラエディタを関連付けた時、
「標準（ファイルをダブルクリック）で Sakura Editor で開く」が off の
状態なら、.exe ファイルをマウスでダブルクリックすると普通に
その .exe ファイルが実行されます。

「標準（ファイルをダブルクリック）で Sakura Editor で開く」が on の
状態だと、.exe ファイルをマウスでダブルクリックするとサクラエディタで
開かれてしまいますが、その場合でも .exe ファイルを
マウス右クリック → 「開く(O)」
と操作すれば普通に その .exe ファイルを実行する事ができます。


まぁ、もし仮により一層の改善をするとしたら
　　拡張子 .exe や .com には
　　「標準（ファイルをダブルクリック）で Sakura Editor で開く」が on の
　　状態にならないようにする。
とでも するくらいでしょうか。

>.EXEをエディタで編集するような酔狂な人はいないとは思いますが，同様の問題になる可能性は0とはいえないので，できれば対策した方がよいと思います．.comもね．

普通に .com に関連付けして使っている人がココにいるんです。(;^^;)
よく拡張子 .com の perl スクリプトを作るもので。エディタでの編集作業必須。