説明を横着してすみません。言いたかったのは、サクラエディタでは改行をまたぐ検索ができないので、連続する改行を検索するのもできないだろう、それをするためには >>data:5131 の(全略)さんのJREGEX組み込み版を使う必要があるのだろう、ということです。
>改行が連続する場合の表記法についてはよく分からなかったので、今回は試していません。
CR/LF改行なら、「?\r\n\r\n」⇒「\r\n」
LF改行なら、「?\n\n」⇒「\n」
CR改行なら、「?\r\r」⇒「\r」
正規表現(E)
すべて置換(A)
でできるのではないかと思います。