外部コマンド実行についての要望です。

1. カレントディレクトリを設定できるように
2. ダイアログを出さずに実行する機能
3. プログラムを登録する機能
4. アウトプット画面でコマンドを直接入力

1 はそのまんまです。

2 は前回の実行の繰り返しをする機能です。ただしダイアログがでずにすぐ実行します。
「スクリプトを書く。実行する」を繰り返すのに便利だと思います。
今日ちょっとRubyのスクリプトを書いたのですが、
現状でもDOS窓を行き来する必要がなくなって便利になりました。
(アウトプットにフォーカスが移動しないところも楽でいいです)

3 誰も使わないかもしれないけど、実行のコマンドラインとパラメータを
いくつか登録しておいて、それを実行できるようにするものです。
たとえば、ctrl+shift+D に "dump %filename%" を割り当てます。
これで簡単にファイルのダンプがとれるとか。

4 アウトプット画面で [Enter] が押されると、その行のコマンドを実行するというもの。
Grepでは[Enter]でタグジャンプしますが、それに似たようなかんじで。

どれも思いつきで申し訳ありませんが、
面白そうなものがあったらぜひ実装していただけるとうれしいです。
3 はかなりコードをかかないといけないきがしますし。