>> とありますので、仕様ですね。
>
>マニュアルに書いてあるのは、動きを見たからなのでしょう。

何を言ってるんだか。これは明らかな仕様ですよ。
昔から居る人なら皆 知ってます。

というか、そもそもその設定画面に「次に開くウィンドウ」って書いてあるでしょ!!
# その割には「アイコン付きメニュー」は即時反映されてますけど。。。

一応解説しておきます。
この辺のウィンドウの形態に関する設定項目は、全て、エディタ
ウィンドウを用意する時（新規にエディタウィンドウを立ち上げる時）
に参照され、それら設定に従ったウィンドウが作られる、というように
なっているだけです。
設定が参照されるのは、エディタウィンドウを新規作成する時だけなのです。

これは大昔の原作版（まだ名称がサクラエディタになる前）からそうです。

もし、

「共通設定で設定を変更したら、それまでに立ち上げられていた
　エディタウィンドウにも その変更を反映する」

という動作にしようとすると、

「設定が変更されたら起動中のエディタウィンドウ達に対して
　後からウィンドウ周りを弄ってまわる」

という処理が別途必要になるわけで、んな面倒な事は。。。
というような感じです。

でもこの辺、実は結構改修されていたりもします。
元々は、共通設定 → [ツールバー] タブでツールバーの項目を
変更した場合も、その変更内容が反映されるのは、やはり
設定変更後に立ち上がるエディタウィンドウから、だったわけです。
で、昔も、

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>Date: Wed, 24 Nov 1999 10:47:34 +0900
>From: t-
>Subject: [hippie:00079] ツールバーの表示及びブラウズ
>
>お馬鹿な希望？感想？疑問？です。
>
>ツールバーにボタンを追加すると直に表示されませんよね？
>#再起動後表示されました。
>チョット焦りました。

　　＜＜略＞＞
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>Date: Wed, 24 Nov 1999 11:02:26 +0900
>From: たけ
>Subject: [hippie:00080] Re: ツールバーの表示及びブラウズ
>
>作者のたけです。
>
>どちらもプログラムのうまいつくりかたが
>よくわからなかったので、
>ちょっと手抜きがしてあります
>ごめんなさい。
>
>なおしたいんですけどななかむつかしいですね
==========

なんて話も あったりして。

で、このエディタが原作者さんの手から現在のサクラエディタ
という名称での開発体制に移って暫くしてから、
さすがにツールバーはすぐに設定が反映してくれないと
不便で分かり難いという事で、共通設定 → [ツールバー]タブの
設定は、変更するとすぐ その内容が全エディタウィンドウに
反映されるように、と頑張って直してくださった方がいらして。
# 2000年10月頃の事

で、ここだけはすぐに設定変更が反映されるのです。
が、他の項目は依然として以前のまま。