>出荷時のデフォルトは、選択肢１．ユーザーに問い合わせる。
私もデフォルト設定は↑これが良いと思います。一番 無難かと。

>　使う優先順位が高いと思われるのが、選択肢１＞２＞３の順。

2,3どちらが良いかは、その時の作業内容に依存するでしょう。

そもそも自動認識というのは誤認識する物です。
念のため言っておきますが、私はサクラエディタの自動認識の
精度はかなり高いと思っていますし、性能に不満は有りません。

しかしながら、どんなに性能が良い自動認識であっても原理的・理論的に
目的の（エディタで作業する人間が望むような）文字コードのファイル
として認識する事が出来ないファイルがあります。

極端な話が >>data:5299 で私が言ったような、半角英数記号文字しか
使われていない UTF-8 のファイル。Shift_JIS のファイルと違い
ありませんから、それを自動認識で「UTF-8 のファイルと認識しろ」
というのは無理。
他にも識別不可能・困難なファイルはいくらでもあります。

で、その手の自動認識では文字コードを判別する事が困難なファイルを
エディタで編集していると、自動認識は誤認識の嵐となってしまいます。

で、そのような場合、「もぅ、自動認識なんてoffにしてくれ～～。
過去に編集した時の文字コード覚えてるんだろぅがぁ！！」と
なるわけで。

で、ここからは推測ですが、書き込みの元のトーリス・ガリーさんも
そういう状況になってしまっているのだと思います。
取り扱っているファイルが UTF-8 のファイルなのだけれども、
自動認識では UFT-8 とは認識しづらいファイルで、Shift_JIS と
誤認識しまくっている。

で、「前回と異なる文字コードのとき問い合わせを行う」をoff、
つまり強制的に自動認識の結果で開く設定だと、誤認識された
Shift_JIS として開かれてしまう。
↑この状況を「自動認識していない」と誤解されている。

「前回と異なる文字コードのとき問い合わせを行う」をonにすると
ダイアログで
・UTF-8 (前回使っていた文字コード)
・Shift_JIS (自動認識の結果)
どちらで開くか聞いてくるので UTF-8 で開けと答えている。
↑この UTF-8 の方を「自動認識された結果」と誤解されている。

という状況なのではないかと。
で、ダイアログなんて出さずに UTF-8 として開いてくれ～と
願っているのでは？（実際には自動認識を使わずに
前回の文字コード使ってくれ、という事なわけですが）

あくまで私の推測ですが。

ただ、現実に取り扱うファイルによっては上記のような状況が
良く起こります。

>　それに、選択肢３だと、自動認識の出番が無くなる。
出番はあります。
開いた記録がないファイルを開くときは自動認識が働くわけですから。
それでうまく文字コードが認識されればラッキーです。

ただ、自動認識で誤認識し易いファイルを扱っている場合、過去に
開いた事があるファイルなら その時の文字コード使ってくれ、
自動認識は邪魔なだけだからoffにしてくれ、というだけで。