UTF-8漢字の認識がきちんとできるようになっているようですね。
真魚の作者さんの日記ページにある誤認識文字パターン
http://wantech.ikuto.com/diary/02soft/2006/06_0405_1024.htmも従来版はNGでしたがOKになってます。
一方、漢字がひらがな・カタカナと同格になったためでしょうが、
（判定における「ひらカタ」の優先度が相対的に下がっていて）
半角カナのみのEUCファイルはS-JISと認識されます。
まぁ、これはS-JIS漢字と完全にかぶっている箇所なので
しかたない話と思いますが。
あと、これは Patches にコメントしたほうがいいかもしれないことですが、
ソースコードの記述は入念にされている印象を受けました。
コメントがきちんと書かれているのがいいですね。
コメント中の参考URLから出典等も辿れますし、
大筋は結構なモノのように思いました。
私は文字コード関連には疎いので、レビューするよりむしろ勉強させて
いただくのに良いなぁ、なんて思ったりして... (^^;