こんにちは。手元で試してみました。
WindowsXP SP2 で、U+00E9 をバイナリエディタで入力し、
いくつかのエディタで、unicodeとして開いて見ました。
フォントは、FixedSysか、Terminalというものを使いました。

notepad.exe - ダッシュ付き
サクラエディタ - ただの e
ＱＸエディタ - 文字コードが直接表示される
GreenPad - ダッシュ付き
内部バッファーがunicodeのあるエディタ - ダッシュ付き

次に、notepad.exeでコピーし、
先ほどのエディタにペーストしてみました。

サクラエディタ - ただの e
ＱＸエディタ - ただの e
GreenPad - ダッシュ付き
内部データがunicodeのあるエディタ - ダッシュ付き

clipbrd.exe でクリップボード内の情報を見ると、
フォーマットが、CF_TEXTの場合には、ただの e に
なっていました。

これらの結果から推測するに、内部データを
非unicodeで持っているエディタの場合、unicodeから、
ShiftJISに変換される過程（エディタの変換ルーチンやクリップボード）
が入ると、ただの e になっちゃうんじゃないでしょうか。
非unicodeでも、Latin-1 という文字コードを扱える
環境なら、うまく変換されるんでしょう。

▼ PALさん
> １．エディタの実装方法による仕様
> ２．フォントの問題
> ３．その他
>
> で判断がつきません。

とすると、「１．」および、文字コード変換の問題？

このエディタは日本語Shift_JISコードのエディタです。

他の文字コード、例えば Unicode のファイルを開く場合は、
ファイルを開くときに Unicode → Shift_JIS 変換して、
それら Shift_JIS 文字の編集状態になり、保存時には
自動的に Shift_JIS → Unicode 変換しながらファイルに
保存しているだけです。

ですから Shift_JIS に無い文字は一切取り扱い不可能です。

>コード"E9"がeのダッシュ付きで表示されない
>事で悩んでおります。
>ファイル形式はunicodeで作成し、unicodeで表示しています。

これは Unicode の文字(Shift_JIS には存在しない文字)なので、
このエディタでは取り扱い不可。


内部を Unicode化したサクラエディタなら取り扱えるんじゃないかなと思います。

# Mocaさん が内部 Unicode化したサクラエディタを公開されています。
# http://www.geocities.jp/moca_skr/
# → 特殊用本体 → ワイドキャラクタ版 別ページ → 0.7.x系

ただ、内部 Unicode化のサクラエディタは色々制約があるので
アレだと思いますけど。