２つ前のバージョンからです。Yahoo! Junk に、
全選択だけを戻した実行ファイル置きました。
sakura_selectall.lzh (VC++6)
緊急ですので、直れば消します。

これ、最新の 1.5.13.0 だけおかしくなってるみたいですね。

既存ファイルを開いて全選択、ESCで解除してから、最終行以外のところにいくつか改行を追加して再度全選択したときにも最終行付近が選択されなくなっています。
全選択以外に、矩形選択の表示も変になってます。

全選択や矩形選択がおかしくなる典型的なケースについて、途中までの手順をマクロ記録しました。
後述のマクロを新規ファイルの状態から実行すると、

1↓
2↓
3↓
4↓
5↓
[EOF]

になって、1↓の行が矩形選択状態になります。
マクロは矩形選択モードを解除せずに終わっているので、続けて下矢印キーを４回押せば全部の行が反転するはずですが、3↓の行は反転しません。
これに続けて、
F5 で表示更新して ESC を入力すると今度は 3↓の行だけ反転します。
さらに続けて、
F5 で表示更新して Ctrl+Aでは先頭の２行しか選択されません。

---再現用マクロ---
S_Char(52); // 文字入力
S_Char(13); // 文字入力
S_Char(53); // 文字入力
S_Char(13); // 文字入力
S_GoFileTop(0); // ファイルの先頭に移動
S_BeginBoxSelect(0); // 矩形範囲選択開始
S_Right(0); // カーソル右移動
S_Down(0); // カーソル下移動
S_CancelMode(0); // 各種モードの取り消し
S_GoFileTop(0); // ファイルの先頭に移動
S_Char(49); // 文字入力
S_Char(13); // 文字入力
S_Char(50); // 文字入力
S_Char(13); // 文字入力
S_Char(51); // 文字入力
S_Char(13); // 文字入力
S_GoFileTop(0); // ファイルの先頭に移動
S_BeginBoxSelect(0); // 矩形範囲選択開始
S_Right(0); // カーソル右移動
S_Right(0); // カーソル右移動
S_Right(0); // カーソル右移動

Patches#1557887 「EOFを含む矩形範囲選択でEOF以降が反転」
(EOF_reversed2_r1001.diff ---> sakura/trunk#1014)
からおかしくなっていると思います。

EOF位置のキャッシュ機能がおまけで追加されているみたいなんですが、そこだけ部分的に除去したところ >>data:5640, >>data:5644 とも正しく動作している感じです。
http://sakura.qp.land.to/?Junk%2F17
（バイナリ＆修正パッチ）
EOFキャッシュが正確に動くようになれば問題は無いのかな～と思いますが、その辺りはどう手を入れればいいのか自分もよくわかってないです。

２つ前の、1.5.12.0 (Sep. 23, 2006)
[ 1530740 ] 全て選択の選択範囲末尾が不正確
の時以降と見ました。それで、
--- sakura_core/CEditView_Command.cpp (revision 987)
@@ -2198,7 +2198,12 @@
の、ファイルだけ修正を戻しました。

Yahoo! Junk/sakura_selectall.lzh (VC++6)
gentaさんの新規関数をMocaさんがさらに修正されてます。

（いつもの）＃タスクトレイに常駐しているの、消してから起動してください。

▼ げんたさん
すみません、疑って。
全選択で履歴を眺めていたら、最新バージョンのちょうど１つ前に「全選択」という文字があったので、それに決めて後は突っ走ってしまいました。
コンパイル＆テスト用のPCを再度確認したら、９月のバージョンはzipすらダウンロードしてませんでした。（やれやれ）
多分その時の心境としては、zipで確認する手間を省いたんだと思います。なにせ、とにかく全選択の機能が動く最新版が欲しかったので。

２つ前と誤ったのは、SourceForge DownloadのFile Releasesに、１番上にあるのが現在の最新バージョンと思わなくて、1.5.13.0 が２つ前と思ってしまいました。WikiのHistoryは、何故か、一番上にテンプレが有って、２番目が最新ですよ。テンプレは、２番目とかに持ってくる…は、別の人ですね。