>上の文で[と>を強調表示したいと思い、設定してみたんですが
>反映されません。
>強調キーワードでテキストというセットを追加し、
>カラータブで強調キーワード1に設定しています。
http://sakura-editor.sourceforge.net/htmlhelp/HLP000086.html
このあたりに書いてあるように、単語単位で検索するようになっているため、
[や()のようなものは強調キーワードでは設定できません。
これは
>#line
の例で言えば、「#line #line_next」のような文字列の「#line_next」の#line部分は
色が変わらないようになっていると言うことです。
数が少ないのであれば、
タイプ別設定の「正規表現キーワード」で
▼キーワード 色指定
/\[/k 「強調キーワード1」
/\]/k 「強調キーワード1」

タイプ別カラータブの「強調キーワード1」の色分けをONにする。
のような設定を試して見てください。