>”ヴァイオリン”をひらがな変換にすると
>”ヴぁいおりん”となり、”う゛ぁいおりん”
>とはなりません。これは仕様でしょうか。

いまのところ、濁音を２文字に分けて表現するような処理は半角カタカナに変換するときのみです。
この場合「ヴァイオリン」→半角カタカナに変換→全角ひらがなに変換、のように２段階の変換をする必要があります。

「ヴ」から「う゛」への変換は、かなり一般的な動作なのでしょうか？