あら、私の書き方が悪かったですね。

まずsakuext.exe の使い方は、まず常駐を含めて全サクラエディタを
一応終了してください。
その状態でsakuext.exeを起動し、関連付けしたいファイルの種類（HTMLとか）をリストから選択。
でもってリスト下のチェックをONにしてください。
このとき最初からチェックの背景色がグレーとかだったら白背景のONに変更してください。
これだけで関連付けは完了です。
sakuext.exeは終了していいです。

で、FFFTPの方ですが、こっちは設定するビューワを、
「sakuext.exe」から「sakura.exe」（Unicode版を使われてるのであれば「sakuraW.exe」）に
設定し直してみてください。

これでどうでしょうか？