不具合報告です。
グレーアウト状態のツールバーボタンが押せる状態になります。
sakura-1.6.2.0(ansi)(Unicode版はわかりません)

再現手順
・タブでまとめないモード(SDI)で複数のウインドウを開く。
（ツールバーが見える状態にしておく）
・1つのウインドウで設定画面を表示し、設定を行う。
・他の画面のツールバーボタンのグレーアウトが解除される。