残念ながら、サクラエディタに使用するIMEを指定する設定はありません。
もしかしたらATOKが既定の言語に設定されていないかもしれないので、以下の項目を確認してみてください。

ATOKの公式サイトに、さんたさんが使用しているATOKの不具合修正パッチが登録されていないかどうか調べる。もしあったらインストールする。

ATOKのメニューからプロパティを開いて、入力・変換タブの入力補助の特殊を開いて、ATOK[既定の言語]に設定する確認メッセージを表示するにチェックが入っているかどうか見る。チェックが入っていなければ入れる。

スタートメニューを開いて、プログラムの中のATOKフォルダ下に標準IME設定ツールがあれば、それを起動してみる。


とりあえず思いつくのはこれくらいですが、それでもだめなら以下を試してみてください。
※下で説明するのはMicrosoft IMEを無効化するための手順です。これを行うと、再登録しない限りMicrosoft IMEが使えなくなります。※
※Microsoft IMEとATOKを併用している場合は行わないでください。※

NT5.1ということはXPだと思いますが、私が使っているのはvistaなのでコントロールパネルからの経路が少し違うかもしれませんが、ご容赦ください。
コントロールパネルのクラシック表示で説明します。

コントロールパネルを開いて、地域と言語のオプションを開きます。
キーボードと言語タブを開いて、キーボードの変更ボタンを押します。
テキストサービスと入力言語ウィンドウが開くので、全般タブを開いて、インストールされているサービス以下のMicrosoft IMEを選択して、削除ボタンを押します。削除したら一応再起動しておいてください。