マクロ中で IE を利用してクリップボード操作を行っているのだと思います。
IE 側でセキュリティ設定を変更することで表示を消すことはできます。
（ただし、セキュリティレベルは低下します。）
この設定変更を行う場合は、以下のページの
「互換性の影響を最小限に抑える方法」が参考になると思います。
Internet Explorer 7 におけるクリップボードへのスクリプト アクセスの既定のセキュリティ設定の強化
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb250473.aspxどのようなマクロを実行しているか教えていただければ、
マクロ側でも対策できるかもしれません。